梁笑棠在狱中结识大学教授霍天任（吴镇宇饰），年日教授外表斯文，与世无争，但却能以心理陷阱收服穷凶极恶的巨川（林雪饰）。
大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，本光半六扇门接到使命护卫天启皇帝驾崩，伏产崇祯即位之时，伏产准备法办奸臣魏忠贤一党，在这关键时刻却发现记载魏罪证的万言书被盗，六扇门和魏忠贤的党羽银鬼同时出发追踪盗书之人，并展开了关乎正邪交锋、恩怨情仇甚至社稷安慰的最终绝战
一宗多年前的杀人案浮出水面，业喜忧参牵出一个在逃的杀手，业喜忧参六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别专门关押监犯的黑山监狱年久失修，年日欲将监犯搬运，六扇门接到任务帮忙。张一带着唐珂前往预备，本光半不料监狱中临时关押的两个女犯却引来了一批奥秘杀手血洗铁牢，张一和唐珂无可奈何联合狱中监犯一起抗敌，等待救援……
多年前一次失误，伏产捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，业喜忧参案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，业喜忧参周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……
神秘杀手杀死琴馆盲女，年日引出了逃亡在外的唐珂。
危急时刻，本光半玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，伏产对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。
失去记忆的黄飞鸿被印第安人部落收留，业喜忧参因十三姨坚持不懈的寻找二人终于团聚袁浩逃出遭贺伯清拉拢，年日因亲弟六扇门捕头袁瀚正在查他，断然拒绝。
本剧讲述了锦衣卫袁浩任务中被结义兄弟杨笋陷害所擒，本光半结义兄弟齐小豪营救遇伏断臂，沦为弃子。贺伯清陷害袁瀚未果，伏产暗捕齐小豪施酷刑，要挟袁浩，袁浩无奈与贺伯清展开殊死较量，最终粉碎黑暗势力的故事